مایکل فاسبندر در ۲ آوریل ۱۹۷۷ میلادی در شهر هایدلبرگ آلمان غربی زاده شد. مادرش «اَدل» یک ایرلندی از شهر لارن (واقع در شهرستان انتریم) و پدرش «یوزف فاسبندر» آلمانی بود. مطابق قانون شهروندی دولت آلمان، ملیتِ آلمانیِ پدری او سبب می‌شود که وی نیز مطابق اصل خون، آلمانی محسوب شود. مطابق آنچه در خانوادهٔ به‌صورت دهان‌به‌دهان نقل شده‌است، مادر او با مایکل کولینز از رهبران جنگ استقلال ایرلند نسبت خانوادگی دارد. وقی مایکل دو ساله بود، والدین او به شهر کیلارنی در شهرستان کری نقل مکان کردند و در آن، رستورانی به نام «وست اِند هاوس» را اداره می‌کردند که پدرش سرآشپز آنجا بود. علت این تغییر مکان، آن بود که پدر و مادرش می‌خواستند فرزندان آنها در دل طبیعت بزرگ شوند تا یک محیط صنعتی نظیر محل زندگی‌شان در آلمان. وی تحت تعالیم کلیسای کاتولیک بزرگ شد و در کودکی، خادم کلیسایی بود که والدینش برای عبادت به آنجا می‌رفتند. او یک خواهر بزرگتر به نام «کاترین» دارد که عصب‌روان‌شناس است.
مایکل و خواهرش، تعطیلات تابستان را در آلمان می‌گذراندند و او زبان آلمانی را روان و سلیس صحبت می‌کند، گرچه خودش بعدها در مصاحبه‌ای گفت که پیش از شروع فیلم‌برداری حرامزاده‌های لعنتی، لازم بوده تا روی آلمانی حرف‌زدنش تمرین کرده و دستی به سر و گوشش بکشد چون «کمی گیر داشت». او همچنین به زبان ایرلندی مسلط است، چون در کری بزرگ شده‌است. او به «مدرسهٔ ملی فوسا» و «کالج سنت برندان» رفت که هر دو، در کری واقع شده‌اند. وقتی ۱۷ ساله بود، تصمیم گرفت که بازیگر شود و در یک نمایشنامه بازی کرد. در سن ۱۹ سالگی جهت تحصیل در مرکز درام لندن به این شهر رفت که از مراکز وابسته به آموزشگاه هنر دانشگاهی «سنترال سنت مارتینز» است. در سال ۱۹۹۹، تحصیلاتش را در این مرکز نیمه‌کاره رها کرد و با یک گروه هنری تئاتر به نام هدلانگ جهت اجرای نمایش سه خواهر همراه شد. مایکل پیش از آغاز حرفهٔ بازیگری، مدتی به‌عنوان مأمور پست و متصدی بار مشغول به کار بود. از شغل‌های دیگر او، می‌توان به کارگری، مطالعات بازار برای پست سلطنتی و کارمند شرکت رایانهٔ دِل اشاره کرد.