ماهرشالا علی با نام اصلی ماهر شلال هاشبز گیلمور در شانزدهم فوریهٔ سال ۱۹۷۴ در اوکلند واقع در کالیفرنیا به دنیا آمد. والدین او، ویلیسیا و فیلیپ گیلمور، نام وی را بر اساس نام فرزند دوم اشعیا نبی، یکی از پیامبران انتخاب کرده‌اند. ماهرشالا دوران کودکی و نوجوانیش را در شهر هیوارد گذراند و در همین زمان، استعداد خودش را در ورزش‌های مختلف، خصوصاً بسکتبال نمایان کرد. او در ادامه با بورسیهٔ ورزشی، به دانشگاه سنت ماری رفت و به عضویت تیم بسکتبال دانشگاه درآمد ولی پس از مدتی به دلیل نارضایتی، این تیم را ترک کرد. ماهرشالا به دلیل شغل پدرش که بازیگر تئاتر بود و حتی سابقهٔ اجرا در برادوی را نیز داشت، از همان ابتدا با فضای هنری آشنا بود و در تعطیلات تابستانی نیز، معمولاً به همراه پدرش به پروژه‌های مختلف می‌رفت. او حتی شعر هم می‌نوشت و از این طریق در مسابقات ادبی مختلف و شب شعرها نیز شرکت می‌کرد. در همین زمان بود که وی به بازیگری نیز علاقه‌مند شد و تصمیم گرفت که در این زمینه، به تخلیهٔ هیجانات هنریش بپردازد. پس اینچنین شد که در یکی از تولیدات نمایشی جورج سی ولف تحت عنوان Spunk، به نقش آفرینی پرداخت.
ماهرشالا در سال ۱۹۹۶، پس از فارغ‌التحصیلی از دانشگاه سنت ماری در رشتهٔ علوم ارتباطات اجتماعی، به تئاتر شکسپیر کالیفرنیا پیوست و در همین زمان، در نشریهٔ گاوین ریپورت، با موضوع تخصصی رادیو مشغول به کار شد. او در ادامه در امتحان ورودی دانشگاه نیویورک در رشتهٔ بازیگری پذیرفته شد و در سال ۲۰۰۰، مدرک کارشناسی ارشد خود را از این دانشگاه اخذ کرد.

وی که پس از حملات یازده سپتامبر در لیست مراقب پلیس فدرال آمریکا قرار گرفت در مصاحبه‌ای از شرایط بد مسلمانان در آمریکا انتقاد کرد و گفت: .mw-parser-output .templatequote{overflow:hidden;margin:1em 0;padding:0 40px}.mw-parser-output .templatequote .templatequotecite{line-height:1.5em;text-align:right;padding-right:1.6em;margin-top:0}

به عنوان یک مرد سیاه‌پوست، از دیدن تعصبات ضداسلام، متعجب نمی‌شوم. اگر پس از چند دهه زندگی در آمریکا به عنوان یک مرد سیاه‌پوست، مسلمان شوید از روبه‌رو شدن با تبعیض‌ها به عنوان یک مسلمان متعجب نمی‌شوید. من به دلیل سیاه‌پوست بودن بارها هنگام رانندگی از سوی پلیس متوقف شده‌ام و از من پرسیده‌اند که تفنگت کجاست؟ این تبعیض‌ها برای مسلمان‌ها تازه خواهد بود اما برای ما تازگی ندارد. همسرم پس از چندین تجربه ناخوشایند دیگر در نیویورک حجاب بر سر نگذاشت. او دیگر احساس امنیت نمی‌کرد.