
مسی در روزاریو، سانتا فه بهدنیا آمد. پدرش خورخه هوراکیو مسی، کارگر کارخانه بود و مادرش سلیا ماریا کوچیتینی، نظافتچی نیمهوقت بود. تبار والدین مسی ایتالیایی است و به شهر آنکونا بازمیگردد. جد او، آنجلو مسی، در سال ۱۸۸۳ به آرژانتین مهاجرت کرد. لیونل دو برادر بزرگتر به نامهای رودریگو و ماتیاس و یک خواهر به نام ماریا سل دارد. او از پنج سالگی فوتبال را در تیم گراندولی، تیمی که پدرش در آن زمان مربیش بود، آغاز کرد. او در سال ۱۹۹۵ به نیولز اولد بویز رفت تیمی که در همان شهر روزاریو قرار داشت. مسی پس از مدتی به عنوان شخصی جوان به یک نقطهٔ قوت در آن تیم تبدیل شد؛ او تنها یک بازی را در چهارسال بعدی حضورش از دست داد و در آنجا به ماشین شماره ۸۷ (سال تولد او) مشهور شد. در ۱۱ سالگی تشخیص دادهشد که او با کمبود هورمون رشد مواجهاست. ریور پلاته به پیشرفت مسی علاقه نشان داد اما تمایلی به پرداخت هزینههای درمان بیماری مسی که ۹۰۰ دلار در ماه بود، نداشت. کارلس رکساچ، مدیر ورزشی وقت باشگاه بارسلونا، توسط بستگان مسی در لیدا و کاتالونیا از استعداد او آگاه شدهبود و مسی و خالهاش
آماده برای ترتیب دادن مذاکره با او بودند. رکساچ، بدون کاغذی در دست، پیشنهاد قرارداد مسی را بر روی دستمال کاغذی نوشت. بارسلونا پیشنهادِ پرداخت هزینههای درمانی را پذیرفت به شرط آنکه مسی حاضر به نقل مکان به اسپانیا باشد. مسی و پدرش به بارسلون نقل مکان کردند، جایی که او در آکادمی جوانان باشگاه ثبت نام کرد.