
بنیسیو دل تورو فرزند دوم گوستاوو دل تورو و فاستا سانچز دل تورو در سن جرمن در جنوب غرب پورتوریکو به دنیا آمد. پدر و مادر او هر دو وکلای صاحب نامی بودند که به سبب تعهد به جامعه خود مورد احترام و محبت اطرافیان قرار داشتند. پدر بنیسیو به «وکیل فقرا» معروف بود. عده زیادی از خانواده دل تورو در سیستم قضایی پورتوریکو مشغول به کار هستند. برادر بزرگتر بنیسیو، گوستاوو در نیویورک متخصص سرطان اطفال بود. دل تورو، از طرف پدر و مادرش دارای اجداد کاتالان، باسک، ایتالیایی و سرخپوست است.
دل تورو که در کودکی به «بنی لاغرو» و «بنو» معروف بود، با تربیت کاتولیک بزرگ شد و تحصیلاتش را مدرسه کاتولیک آکادمیو دل پرپتو سوکوررو در میرامار واقع در پورتوریکو آغاز کرد.
بنیسیو ۹ سال داشت که مادرش در اثر بیماری هپاتیت درگذشت. دل تورو در ۱۳ سالگی به همراه پدر و برادرش به مرکرزبرگ در پنسیلوانیا رفت. او دبیرستان را در مدرسه شبانهروزی آکادمی مرکرزبرگ گذراند. پس از فارغالتحصیلی از دبیرستان دل تورو به توصیه پدرش عمل کرد و برای تحصیل در رشته بازرگانی به دانشگاه کالیفرنیا در سن دیگو رفت. در دانشگاه او به عنوان درس انتخابی، تئاتر را انتخاب کرد. موفقیت در این درس چنان برای او مهم و خوشایند بود که سبب شد دل تورو، دانشگاه را رها کرده و برای آموختن تئاتر نزد برخی بزرگترین آموزگاران تئاتر نظیر استلا آدلر و آرتور مندوزا در لوس آنجلس دوره ببیند.