عمده فعالیت‌های سیاسی اجتماعی او از سال ۲۰۰۹ آغاز شده‌است در سال ۲۰۱۰ در یک رای‌گیری اینترنتی که برای نامزدی شهرداری مسکو انجام شد وی توانست ۴۵ درصد آراء را بخود اختصاص دهد.
در نوامبر ۲۰۱۰ گزارشی را در بلاگ خود که بنام «ژورنال زنده» نام دارد منتشر کرد و طی آن مدعی شد که رؤسای شرکت ترانس‌نفت مبلغ ۴ میلیارد دلار در جریان احداث خط لوله شرق سیبری دزدیده‌اند.
در دسامبر ۲۰۱۱ و در ماه‌های فوریه و مارس ۲۰۱۲ او به همراه دیگر رهبران معترض، تظاهرات وسیعی در شهر مسکو علیه روند انتخابات و نامزدی پوتین در این انتخابات براه انداخت. او همچنین همکار نزدیک پوتین یعنی ایگور شوالوف را متهم کرد که از شرکت‌های متعلق به رومن آبراموویچ و آلیشر عثمانف مبلغ ده‌ها میلیون دلار دریافت کرده‌است.
پس از انتخاب پوتین مجدداً تظاهرات وسیعی را در میدان پوشکین به همراه دیگر ناراضیان برگزار کردند که باعث دستگیری و زندانی شدنش بمدت ۱۵ روز گردید. سازمان عفو بین‌الملل او را «زندانی برای ابراز عقیده» نامگذاری کرد.
در ژولای ۲۰۱۳ برای انتخاب شهردار مسکو نامزد گردید ولی در مراسمی که در جلوی کاخ کرملین برگزار کرده بود دستگیر و سپس آزاد گردید و رادیو و تلویزیون از تبلیغ او جلوگیری کرد. در این رای‌گیری حدود ۲۷ درصد آراء را کسب کرد و شهردار مسکو که از طرفداران پوتین بود حدود ۵۱ درصد آراء را بدست آورد.
در آوریل ۲۰۱۴ دادگاهی در مسکو او را به اتهام اختلاس از یک شرکت سازنده وسائل آرایشی محاکمه و به حبس خانگی محکوم کرد تا در جریان محاکمه مسکو را ترک نکند. گفته می‌شود ممکنست دادگاه او را به ۸ سال زندان و پرداخت جریمه نقدی محکوم کند.
دادستان مسکو در ۱۹ دسامبر ۲۰۱۴ درخواست ده سال حبس یرای وی نمود ولی او خود را در ارتباط با اختلاس بیگناه می‌داند.
روز سه شنبه ۳۰ دسامبر ۲۰۱۴ هزاران نفر در مسکو علیه رای دادگاه دست به تظاهرات زدند. ناوالنی درحالی که حصر خانگی را نادیده گرفته و قصد الحاق به تظاهر کنندگان را داشت توسط پلیس دستگیر گردید.